Einen wichtigen Bereich nimmt die diagnostische Endoskopie des Verdauungstraktes mit Magen- bzw. Darmspiegelungen, endoskopisch-operative Eingriffe, Entfernung von Wucherungen aus dem Magen-Darm-Bereich, Stillung von Blutungen und Verödung von Krampfadern in der Speiseröhre sowie die endoskopische Diagnostik und Eingriffe am Gallen- und Bauchspeicheldrüsengangsystem ein. Um hier optimale Ergebnissse zu erzielen, kommen neueste Techniken zum Einsatz. Hierzu gehören:

• Moderne Übertragungstechniken wie HDTV und NBI. Sie machen früheste Krebsvorstufen sichtbar und setzen neue Standards in der Bildqualität
• hochauflösende Vergrößerungstechniken (Zoom- bzw. Magnifikationstechnik, z. B. beim Barrett-Ösophagus)
• endoskopische Färbetechniken zur Tumorerkennung (Chromoendoskopie)
• endoskopische Fremdkörperentfernungen, Biopsien, Polypenabtragung, Mukosektomie

Wie breit das Spektrum ist, zeigen die einzelnen Untersuchungsmethoden:

• Magenspiegelung (diagnostische und therapeutische Ösophagogastroduodenoskopie, unter anderem zur Varizenbehandlung, Tumortherapie z. B. durch Stent oder Achalasiebehandlung)
• Anlage von Magen oder Dünndarmsonden (PEG oder PEJ), Gastropexie
• Darmspiegelung (Ileokoloskopie)
• Enddarmspiegelung (Rekto-Sigmoideoskopie)
• Untersuchung des Analkanals und des unteren Rectums bei proktologischen Erkrankungen (Proktoskopie)
• Darstellung und Therapie von Galleabflusshindernissen bzw. von Veränderungen an den Bauchspeicheldrüsengängen (ERC, ERP bzw. ERCP zur Entfernung von Steinen, Einlage von Plastik- bzw. Metallstents in die Gallengänge bzw. den Bauchspeicheldrüsengang)
• Ballonenteroskopie zur Dünndarmdiagnostik
• Perkutane Darstellung der Gallenwege (PTCD) von außen bei Patienten, bei denen ein endokopischer Zugang zum Gallengangssystem nicht möglich ist
• Spiegelung der Bauchhöhle (Minilaparoskopie, ggf. mit Biopsie)
• Videokapselendoskopie des Dünn- und Dickdarms
• Ultraschalluntersuchung mit einer Sonde (Endosonographie) bzw. Punktionen mit endosonographischer Sicht
  • oberer und unterer Gastrointestinaltrakt
  • transanal/ -rektal
  • Schmerztherapie (Plexusblockade)
  • Feinnadelpunktion (Gewebsprobe, Zystendrainage etc.)
  • ggf. Minisondentechnik (intraductal)
• Ultraschalluntersuchung (Sonographie) von Schilddrüse, Bauch, Lymphknoten, Hals, Lunge, Brustwand, Bauch- und Beingefäße
• Ultraschallunterstützte Punktionen
  • z. B. Pleuraerguss, Aszites, Zysten, Abszess, Leber, Lymphknoten, Tumoren etc.)
  • Harnblasenkatheter (DK, SPDK)
  • Abszessdrainage etc.
  • Äthanolinjektion
• Sternal-/ Beckenkammbiopsie ("Knochenstanze")
• Tumortherapie mit Stent, Drainage und durch ablative Behandlung